《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009] 59号）中的特殊重组与一般重组对应于《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）和《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》（国税发[2000]119号）中的免税改组和应税改组。由于企业改组会涉及大额资产或股权交易行为，并且这种交易行为的结果大都是非现金资产的置换，如果要求对此征税，势必会阻碍企业改组。因此，税法需耍设定特殊的“免税改组”政策。所谓“免税改组”，不是给予有关公司或自然人股东一个最终的税收优惠，而只是从征税角度使企业改组“中性化”，以使各方在税收上既未得到好处，也无任何不利，改组与未改组一样。在改组时不征税，在改组资产受让公司的应税利润以改组前存在于目标公司的税收因素为基础计算。由于“免税改组”并非真正意义上的免税，而是给予交易主体递延纳税的权利，因此《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）中采用了“特殊重组”一词，使其更符合税法精神。
《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第六条第二款规定：“股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定”。
笔者认为，特殊重组下，收购企业取得被收购企业股权的计税基础，应当以其公允价值为基础确定。如果以被收购股权的原有计税基础确定，势必造成特殊重组与一般重组的最终结果不一致，从而导致特殊重组多纳企业所得税。分析如下：
根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）对股权支付的定义，股权收购重组有两种方式：
第一，以收购方本企业的股权作为对价收购目标公司（被收购方）的股权。这种重组方式从收购方的角度看，就是我们常说的发行股份、定向增发、接受投资。对转让方（被收购方的股东）来说，其实质就是对外投资业务，即，以其持有的目标公司股权对收购方增资扩股。
例如，甲公司以本企业20％的股权（公允价6000万元）作为对价，收购乙公司持有的M公司80％的股权（计税基础1000万元，公允价值6000万元）。按一般重组对待，乙公司应确认股权转让所得5000万元（6000 -1000)。乙公司取得甲公司20%股权的计税基础为6000万元。甲公司取得M公司80％的股权（属于接受投资的非货币性资产）应按公允价值6000万元作为计税基础。
由于上述股权收购业务符合特殊重组条件，乙公司可暂不确认股权转让所得，相应地，乙公司取得甲公司股权的计税基础应以被收购股权的原有计税基础1000万元确定。根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）规定，甲公司取得M公司80％的股权也应以被收购股权的原有计税基础1000万元确定，显然，违背了改组税收政策的中性原则。乙公司的纳税义务不变，只不过纳税义务得到递延，而甲公司选择特殊重组反而将取得股权的计税基础由6000万元变为1000万元，未来转让或处置股权时必然会多纳企业所得税。
第二，收购方以其控股公司的股权作为对价收购目标公司的股权，其实质是股权置换行为，即收购方用控股公司的全部或部分股权与转让方持有的目标公司的股权相交换。
例如，甲公司以其持有的M公司85％的股权（计税基础1000万元，公允价值6000万元）作为对价，收购乙公司持有的N公司80％的股权（计税基础5500万元，公允价值6000万元）。因符合特殊重组条件，乙公司暂不确认股权转让所得，乙公司取得M公司股权的计税基础按5500万元确定。根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）的规定，甲公司取得N公司股权的计税基础也应以被收购股权的原有计税基础5500万元确定。
如果以乙公司作为收购方，甲公司作为被收购方，就会得到相反的结果。甲公司不确认股权转让所得，甲公司取得N公司股权的计税基础按照1000万元确定，根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）的规定，乙公司取得M公司股权的计税基础按照被收购股权（M公司85%）的原有计税基础1000万元确定。
同一个案例，从不同的角度居然出现两个完全不同的结果，显然不合理。在股权置换适用特殊重组政策时，股权置换的双方取得股权的计税基础只能以换出股权的计税基础替代，才不至于导致特殊重组与一般重组产生的结果不一致。
