取证难。证据是稽查办案的关键所在，证据充分又是稽查工作中的重点和难点，个体税收稽查取证难首先体现在个体、私营业户建账健制滞后。现行征管中，除少数纳税人被认定为增值税一般纳税人的个体、私营业户建账健制外，绝大多数个体、私营业户均未建复式账或简易账。这给稽查工作带来了诸多不便，如无原始记账凭证，对于纳税人购进商品或原材料、燃料以及生产销售情况难以把握，有的购进和销售对象无法或难以查找、数据难以核对，给取证工作带来极大的困难。其次，稽查局或税侦中队无搜查权，致使纳税人收到税务稽查通知书后大大方方地转移有关证据资料，严重制约了稽查部门打击偷、骗、抗税行为。再次，被稽查过的或有经验的个体、私营业户采取用假名或现金交易的方式经营，造成稽查工作无法取证。
定性难。目前，对未建账健制的个体、私营业户采取定期定额征税的办法，个体、私营业户按照核定的税款按月“定额”申报，有的征管机关为了提高申报率甚至由税务干部“代理”申报。稽查部门查出问题后，纳税人以不是我申报的或者以稽查时段不同、经营规模大小不一、有时销售收入及税款低于税务部门核定的销售收入及税款为由，或者以稽查部门查出问题未超过税收征管部门核定税款一定的比例等理由，提出不同的意见，造成查补的税款定性偷税难的局面。
处罚难。自2001年5月1日新《税收征管法》及2002年10月15日《税收征管法实施细则》实施以来，《税收征管法》、《税收征管法实施细则》只是规定了对偷税行为处罚的最高限额和最低限额，没有针对纳税人违法事实、违法手段、违法性质、造成的后果、社会影响程度等作出具体的处罚规定，其他税收法律、法规、规章也没有作出有关具体规定，致使在个体税收稽查中对纳税人的偷税行为的处罚存在随意性。如果处罚过重，纳税人承受不起，在社会上起到负面作用；如果处罚过轻，又起不到震慑作用，造成稽查部门对纳税人偷税行为的处罚处在高低两难的地步。
执行难。个体税收稽查案件执行难第一表现在一些个体、私营业户流动性比较大，税务稽查部门连税务处理（处罚）决定书等稽查文书都难以送达，更谈不上稽查案件的执行。第二，对个别被执行人逃避执行的行为无法实施有效监控。有的被执行人挖空心思，采取公开账户空挂，转移财产等手段逃避执行。第三，依法义务协助、配合税务机关行使执行的个别部门和机构存在消极应付的现象。如有的金融机构为了赢得客户信赖，吸引个体、私营业户多来立户，公开承诺为立户者保密，保证不向任何机关透露信息，致使税务机关难以进行依法查询。第四，政府和有关部门为了引进外资，优化经济环境，对涉及一些外商、下岗职工的案件施加压力，影响税务案件的执行。
