2009年1月4日，国家税务总局下发了《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号以下简称《通知》）就企业工资薪金和职工福利费扣除有关问题进行了明确，并自2008年1月1日起执行。
一、明确界定了合理工资薪金的问题
《通知》第一条规定，《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
（一）企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
（二）企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
（三）企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
（四）企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务；
（五）有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
从上述税务机关对合理工资薪金的判断需把握五大原则来看，客观上就要求企业必须建立健全规范的内部工资薪金管理制度；同时还要考虑当地同行业职工平均工资水平；明确内部工资发放标准和程序；每次工资调整都要有案可查、有章可循。特别强调是对每一笔工资薪金支出，都应及时、足额扣缴个人所得税。
二、明确界定了工资薪金总额问题
《通知》第二条规定，《实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资薪金总额”，是指企业按照本通知第一条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
也就是说工资薪金总额必须是实际发放，实际发放的工资薪金总和，不包括“三费”、“五险”、“一金”；但不合理的工资薪金既使实际发放也不得扣除，国有性质的企业超过政府有关部门给予的限定数额部分的工资薪金。因为超标的工资薪金本身不得计入企业“工资薪金总额”之中，所以也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
三、明确界定了职工福利费扣除问题
《通知》第三条规定，《实施条例》第四十条规定的企业职工福利费，包括以下内容：
（一）尚未实行分离办社会职能的企业，其内设福利部门所发生的设备、设施和人员费用，包括职工食堂、职工浴室、理发室、医务所、托儿所、疗养院等集体福利部门的设备、设施及维修保养费用和福利部门工作人员的工资薪金、社会保险费、住房公积金、劳务费等。
（二）为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，包括企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等。
（三）按照其他规定发生的其他职工福利费，包括丧葬补助费、抚恤费、安家费、探亲假路费等。
四、明确界定了职工福利费核算问题
《通知》第四条规定，企业发生的职工福利费，应该单独设置账册，进行准确核算。没有单独设置账册准确核算的，税务机关应责令企业在规定的期限内进行改正。逾期仍未改正的，税务机关可对企业发生的职工福利费进行合理的核定。也就是说对企业每次发生福利费开支，都必须单独设置账册，并进行准确核算。
