目前实施新的增值税改革试点难度较大。“不可能每个珠子都是完美的。”首都经贸大学财税专家丁芸说。
她认为，目前上海营业税改增值税，目的是促进产业结构转型，使得服务业的税负整体降低，进而促进该行业快速发展，其方向是对的，目前出现的很多问题，需要慢慢来解决。原因是，目前上海的试点改革还不到半年，很多问题还并未显现。
记者了解到，在上海试点方案中，物流行业的运输部分过去是实施营业税3％税率，目前改为11%的增值税税率。仓储部门过去是5%的税率，目前是6％的增值税税率。中国物流与采购联合会测算认为，运输业过去3％的营业税税率，目前对应的是5％的增值税税率，因此实施11％的税率，税负有增加的情况。
发改委交通运输研究所副所长汪鸣告诉记者，目前增值税改革大的方向是对的，小问题可以逐步解决。他还表示，要在全国尽快推广增值税改革，还需要考虑中央与地方税收分成问题。
新问题找办法解决
针对这种税改后税负增加的情况，汪鸣认为，不能太着急，因为营业税改增值税只是一个方向，对于改革过程中出现的具体问题，应该可以逐步通过一些过渡性的办法来解决。
“国家大政方针是对的，大的问题解决了，小的问题可以逐步解决，因为到底税负怎么合理也需要具体看。”他说。
目前上海试点后，北京测算发现，上海的很多经验和税率，在北京很难执行，比如以知识产权业为例，北京的知识产权代理行业占据全国最大的比重，80％的业务要辐射全国，这使得北京的知识产权业如果要实施营业税改增值税，则要按照6％的增值税税率缴纳，而目前是5％的增值税税率。
而在上海，由于知识产权代理行业产值相对较小，产值达不到一定额度，只是小规模纳税人，只需要按照3％的增值税税率缴纳。北京知识产权协会曾建议，北京知识产权业申请实施更低的3%的增值税税率，以便降低。北京注册会计师协会，还有广告等行业也提出了类似比6％更低税率的请求。全国其他扩大试点的地区都将采用和上海试点方案相同的试点方案。
不过，截至目前，国家税务总局并未认可。国家税务总局货物和劳务税司副司长龙岳辉此前称，全国其他扩大试点的地区都将采用和上海试点方案相同的试点方案。而针对可能试点后，北京多个行业税负可能增加的情况，北京正在准备出台和上海一样的补贴方案。
据了解，最初国家税务总局测算的交通运输业3％的营业税税率，对应的增值税税率是11％，原则是“改革试点行业总体税负不增加或略有下降”。？
其中，陆路运输、水路运输、航空运输等交通运输业转换的增值税税率水平基本在11％－15％之间，研发和技术服务、信息技术、文化创意、物流辅助、鉴证咨询服务等现代服务业基本在6％－10％之间。为使试点各行业总体税负不增加，改革试点选择了11％和6％两档最低税率，分别适用于交通运输业和部分现代服务业。
但财政部税政司副司长郑建新此前也承认，“由于企业经营模式、发展阶段的不同，在同样的税率水平下，不同企业改征增值税以后可能出现税收负担增减不一的情况。”
丁芸则认为，现在上海试点的时间仍不长，暴露出了一些问题，仍需要更长时间的改革，来发现更多的问题，然后采取一些措施来逐步解决。“目前改革对于中小企业减税意义明显，比如对于小规模纳税人（小企业）的税率只有3％，比一般纳税人（大企业）的税率6％要低，这就显示出了结构性减税的优势。”她说。
期待税改顶层设计
不过，要想在全国尽快推进营业税改为增值税的改革，最重要的是期待整个税制大的改革。
根据了解，很多地方不愿意进行改革，这与营业税和增值税的分成不一样有很大关系。
其中营业税是地方税，目前运输业和现代服务业，税收一般归地方。而增值税是中央和地方共享税，其中地方只有2成多，7成多归中央。目前上海营业税改增值税后，地方减少的税收收入，中央要偿还，但这执行时间不可能太长。
发改委交通运输研究所副所长汪鸣认为，营业税改增值税后，中央和地方的税负分成关系如何调整，需要作更大的改革设计，但这显然不是目前的试点改革能做的。
广东省国家税务局党组成员、总会计师朱江涛认为，鉴于目前增值税中央分成的比例大，实施改革后，中央地方的关系的分成关系要调整。为了兼顾中央与地方的利益，宜将增值税仍作为共享税，并相应调整现行增值税收入中央与地方分享比例，扩大地方所占份额（如地方占40%）。同时完善省以下财政体制。
他也撰文指出，营业税改征增值税后，国税部门负责征管的增值税纳税户数将大幅增加（上海增加了12万多户），同时其企业所得税也随之划归国税部门征管，国税部门征管一线人手不足的矛盾将更加突出，需综合考虑在国地税部门之间适当调配征管人力资源。
