中国大陆与台湾因政治经济体制的差异，所以在税制上对所得征税的用语与征收制度也有不同。台湾地区以所得税法为统一法典，征收营利事业所得税与综合所得税。中国大陆则以企业所得税暂行条例、外商投资企业和外国企业所得税法与个人所得税法等三个所得税法，分别征收企业所得税、外商投资企业和外国企业所得税、个人所得税。现就差异分析如下：
一、 税制的制定与解释
（一）解释宪法权：
中国大陆宪法第四十七条规定由人民代表大会的常务委员会行使租税法与宪法抵触的解释，而制定法律权力也在人民代表大会，与先进国家如美国的行政、立法、司法三权独立行使职权相比较，中国大陆在行使本项权利时，独立性是否仍能维持，难以受监督；反之，在台湾有，有五项权力独立行使职权，有时经司法院大法官会议解释应改进的法令，偶尔因解释文说明应改进事项，但却未具体的说明改善期限，而造成行政机关很难通过修正。
（二） 立法权：
中国大陆与台湾的税收立法权由于政治性能的差异使得立法的机构也不同，以中国大陆为例，宪法第六十二条规定全国人民代表大会制定国家的基本法律，及第六十七条规定全国人民代表大会常务委员会的职权是制定和修改除应由全国人民代表大会制定的法律以外的其他法律。其中个人所得税法即根据全国人民代表大会于1980年制定，1993年全国人民代表大会常务委员会第一次修正，1999年第二次修正正式通过实施；而台湾则统一由立法院行使税法的制定及修正。
（三）解释权：
在解释税收法律的权限上，以中国大陆的国家税务总局，权限较大，具有制定实施办法、解释税法函令等功能；而在台湾，既令的公布则只有财政部，国税局则不具权限。
（四）所得税的法律形式：
台湾的所得税具有法律的形式，而中国大陆的内资企业所得税则是依据国务院颁布的企业所得税暂行条例来执行，法律层次较低，而外商投资企业和外国企业所得税法及个人所得税法则是人民代表大会所通过的法律形式。
二、 营利事业所得税
（一）纳税义务人：
中国大临和台湾地区对纳税人的规定相比较之下，台湾地区是采用单一税制，就税法的制定比大陆简单，对在国内外的企业都一致规范在所得税上；中国大陆则区分内资企业与外资企业，分别规定在企业所得税暂行条例和外商投资企业和外国企业所得税法，亦即在征收上规范了许多不同限制，显然令人感觉存在形式及实质上的差异，在所得税的税务行政是易造成作业上的复杂，对内外资企业既有不同的规范，即形成不同的税负，不论内资或外资，凡对其比较不利的规范，即会产生不公平之感。
（一） 总分支机构税额的计算：
根据台湾地区所得税法第四十一条及财政部1991年1月14日台财税第790735501号函的规定,营利事业的总机构在台湾地区外，其在台湾地区内的固定营业场所或营业代理人，仅就在台湾内的营利事业所得征收所得税，自己应该单独设立帐簿由总机构合并申报所得税，以利稽征；反之，中国大陆则根据外商投资企业和外国企业所得税法实施细则第八十九条的规定，由各分支根据分支机构所在地的所得税率分别计算后，缴纳所得税。
（二） 预缴：
根据企业所得税暂行条例第十五条和外商投资企业和外国企业所得税法实施细则第八十九条的规定，企业所得可分月或分季预缴待年终再汇总计算；台湾地区则根据所得税法六十七条规定，暂缴应于每年7月1日起一个月内按上年度的营利事业所得税的二分之一为暂缴税额，亦即台湾为半年预缴一次，比较之下中国大陆具有多样选择性。
(四)税率：
相比较之下，中国大陆所得税暂行条例的税率结构显然比台湾地区高，只有中国大陆是以其他优惠条件（如二免三减半、五免五减半等来奖励外资至中国大陆投资，这些外商在创立的初期因受优惠税率的影响，初期是享有优惠，只有当免税及减税期间优惠享受完后，台商将面临较高所得税的税率，就长期而言台商仍应多加评估，考虑投资效益。
1． 台湾地区：
台湾地区营利事业所得税率表
级距 课税所得税级距 税率 累进差额
1 50，000元以下 免税 —
2 100，000元以下 15% 无
3 超过100，000元 25% 10，000元
资料来源：2000年营利事业所得税申报表
2． 中国大陆：
中国大陆企业所得税税率
项目 课税所得额 税率
1 1—30，000元 18%
2 30，000—100，000元以下 27%
3 100，000元以上 33%
资料来源：根据1994年5月13日财说字{1994}009号企业所得税若干政策问题的规定第九条。
（五）亏损弥补：
台湾地区所得税法第三十九规定，以往年度营业的亏损，不得列入本年度计算。但公司组织的赢利事业，会计帐册簿据完备，亏损及申报扣除年度均使用第七十七条所称蓝色申报书或经会计师查核签证，并如期申报者，需将经该征管机关核定的前五年内各期亏损，自本年纯益中扣除后，再去核征。
中国大陆企业所得税法暂行条例第十一条规定，纳税人发生年底亏损的，可以用下一纳税年度的所得弥补，下一纳税年度的所得不足弥补的可以延长，但最长不得超过五年。
两岸相比较之下，台湾地区对规定弥补亏损的条件显然比中国大陆规定严厉，而大陆则对弥补亏损的规定条件较不明确。
（六）境外投资收益的抵免税额：
台湾地区所得税法第三条第二项规定，营利事业的总机构在台湾境内者，应就其台湾境内外全部营利事业所得，合并征收营利事业所得税。但其来自台湾境外的所得，已根据所得来源国税法规定缴纳的所得税，应该由纳税义务人提出所得来源国税务机关给的同一年度纳税凭证，并取得所在地台湾认证机构的签证后，自其全部营利事业所得结算应纳税额中抵扣。抵扣的数额，不得超过因加计其国外所得，而根据国内适用税率计算增加的结算应纳税额。
中国大陆企业所得税法暂行条例、外商投资企业和外国企业所得税法均有规定纳税人来源于中国大陆境外的所得，且在境外缴纳的所得税税款，可以根据限额扣除，超过扣除限额，则不得在本年度的应纳税额中扣除，也不得列为费用，但可以在以后年度税额中扣除，也不得列为费用，但可以在以后年度税额中扣除，但期限为五年。
相比较之下，两岸均为避免重复征税，均有对境外所得税当年度已缴纳部分有相关的规定，中国大陆规定可在以后年度五年内扣除，台湾地区却仅能以当年度个别计算，在这个观点上，大陆更加具有弹性。
（七）盈余所得所含的税额合并个人所得计算：
台湾地区自1998年起修正所得税法第六十六条的相关条文，规定公司在其会计帐簿外，设置股东可抵扣税额帐户，记录可分配给股东的所得税额，且根据股东的决议，可
