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案例：A公司以其持有A1公司51%股权作为支付对价，交换B公司持有的M公司100%股份。A公司持有A1公司51%股份的计税基础为1亿元，公允价值为2亿元，B公司持有M公司股份的计税基础为0.8亿元，公允价值也为2亿元。
问题：A公司股权收购后，持有M公司100%股份的计税基础按照1亿元确定，还是0.8亿元确认？
第一种观点，根据59号文件第六条第二款第2项规定，收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。因此A公司持有M公司股权的计税基础应为B公司持有M公司的原计税基础0.8亿元确定。
第二种观点，应该按照A公司换出股权的计税基础1亿元确认A公司持有M公司计税基础。
分析：笔者认为，应该按照第二种观点，即：按照A公司持有A1公司的原计税基础1亿元确认，否则A公司换出去了1亿元的计税基础，确认的只有0.8亿元计税基础，在特殊性税务处理环境下，那拿到A公司还要确认0.2亿元损失不成？
笔者认为59号文件之所以将收购企业取得被收购企业股权的计税基础，一律按照被收购股权的原有计税基础确定，是由于59号文件出台之初，并没有明确规定A公司以其持有51%股份的A1公司支付也属于股权支付额的范畴，如果A公司以增资扩股的股份支付，A公司股权收购后按照给收购股权的原计税基础0.8亿元确认，就毫无问题。因此建议，进一步修改政策为：
当收购企业以自身股权作为股权支付额支付时，收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定；当收购企业以控股企业股权作为股权支付额支付时，收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以作为支付对价的其控股企业股权的原有计税基础确定。
目前，还有一种说法，即“互为收购说”，认为59号文件可以理解为，A公司收购M公司的同时，其控股企业A1公司的股权也被收购，因此可以按照被收购股权A1公司的原计税基础1亿元确认。笔者认为，这种说法是站不住脚的，在股权收购中，首先要确定收购企业和被收购企业，而被收购企业股权只有达到75%以上才符合特殊性税务处理条件，而本例中A公司持有A1公司的股权只有51%，如果按照“互为收购说”，B公司收购A公司持有A1公司51%的股份显然不符合特殊性税务处理条件，因此可见“互为收购说”不成立。当然，在59号文件没有修改之前，牵强的按照“互为收购说”解释，也不失权益之计，但治本之策应当是对59号文件进一步修改完善。
以上案例以股权收购为例，在资产收购中，收购企业以控股企业股权作为支付对价，取得被收购资产的计税基础，也应比照上例确定。
