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企业与个人股东间借款的涉税风险主要体现两方面：一方面是，企业无偿借用个人股东的借款需要缴纳营业税；股东无偿借用公司资金在年末没有归还则要缴纳20%的个人所得税。
根据国税函发[1995]156号的规定，贷款属于“金融保险业”税目的征收范围，而贷款是指将资金贷与他人使用的行为。根据这一规定，不论金融机构还是其他单位，只要是发生将资金贷与他人使用的行为，均应视为发生贷款行为，按“金融保险业”税目征收营业税。根据《财政部、国家税务总局关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税[2003]158号）的规定，只要个人投资者在该纳税年度终了后既不归还，又未用于企业生产经营的，对其所借非生产经营款项应比照投资者取得股息、红利所得征收个人所得税。
另一方面的税务风险是，个人股东以其房屋或小轿车向银行抵押贷款后，再贷给其企业使用，企业代股东付给银行的利息不能在企业所得税前扣除，因为款是股东向银行贷的，银行出的利息票据上的付款人是股东的名字，在税前进成本得不到税务局的认可。
针对以上税收风险，应采取以下控制措施：
第一，企业使用个人股东的借款应支付利息，为此，根据国税函[2009]777号文件的规定，企业应与股东签定借款合同，向股东借款的总额在一个会计年度内不高于股东在公司内的注册资本的2倍，同时要到当地税务局去代开发票入账。同时, 股东借用公司资金必须支付利息（在一个会计年度内可以无偿或在一个会计年度末必须把向公司借的钱归还给公司）。
第二，投资者不能将企业资金用于消费性支出或财产性支出，否则视为企业对个人投资者的股利分配，要缴纳20%的个人所得税。
《财政部、国家税务总局关于企业为个人购买房屋或其他财产征收个人所得税问题的批复》（财税[2008]83号）规定，企业出资购买房屋及其他财产，将所有权登记为投资者个人、投资者家庭成员的，不论所有权人是否将财产无偿或有偿交付企业使用，其实质均为企业对个人进行了实物性质的分配，应视同投资者取得股息、红利所得，缴纳个人所得税。为企业所用的个人资产提取的折旧不得在企业所得税税前扣除。
第三，如果股东向银行贷款，再把资金贷给自己的企业使用时，必须在贷款合同中的“资金使用用途一栏中”应注明企业使用，然后与银行协商，把银行贷款直接汇入企业的公司账号。这样的话，银行出的利息票据虽然是股东个人的名字，但根据实质重于形式的原则，可以在税前进行扣除。例如,《河北省地方税务局关于2010年度企业所得税汇算清缴若干业务问题的公告》（河北省地方税务局公告2011年第1号）第十二条关于个人贷款、企业使用发生利息的扣除问题规定：“对个人将自己的资产作抵押向金融机构贷款、企业使用（个人与企业之间必须有相关的协议）发生的利息，在确认该项贷款直接划入企业银行账户，利息支出由企业账户划出后，允许企业在计征所得税时扣除。”
